La petite anse de la Fontaine, ancien port d’Etables trop exposé aux vents de Nord-Est et n'offrant pas de sécurité suffisante, le port est déplacé à Portrieux, mieux protégé. Les navires peuvent y rentrer à toutes les marées. Le premier môle est construit en 1726.

En 1848, la commune de Saint-Quay achète Portrieux. A cette époque, un commerce actif s’exerce dans le port, en particulier vers les îles anglo-normandes (bestiaux, céréales, primeurs). Une dizaine de goélettes partent également chaque hiver vers Terre-Neuve. Des vaisseaux de guerre et les grosses unités de pêche de Binic et de Saint-Brieuc viennent souvent y faire relâche. De nombreux aménagements du port ont lieu à la fin du 19ème siècle. Une longue jetée va remplacer le vieux môle en partie détruit, des quais sont construits ainsi qu’une double jetée à Pors-Es-Leu.

Après-guerre, le cabotage et la grande pêche diminuent jusqu’à pratiquement disparaître. Dans les années 1970, le développement de la pêche à la coquille Saint-Jacques donne une renaissance à Saint-Quay. En 1971, la construction d'une extension permet de fermer le port et d'accroître la capacité d'accueil. En 1990, le nouveau Port d'Armor, seul port en eau profonde entre Cherbourg et Brest, accueille en plus des chalutiers coquilliers de nombreux navires de plaisance.